L'ammonisation

Les déchets sont dégradés progressivement par des micro-organismes. Ces micro-organismes se composent de bactéries aérobies différentes comme par exemple les bacillus, les microcosus ou les bacterium… Dans une eau basique les déchets se transforment en ammoniac, et dans une eau acide les déchets se transforment en ammonium. Donc il est préférable que l'ammonisation se fasse dans une eau acide, en effet l'ammonium est peu toxique et les plantes peuvent l'assimiler contrairement à l'ammoniac qui est très toxique pour les poissons.

La nitrification
Les composés ammoniacaux sont à leur tour transformés par d'autres bactéries aérobies qu'on appelle bactéries nitrifiantes. Ammonium et ammoniac sont une première fois transformés par des bactéries comme les nitrosomonas. A ce stade nous obtenons des nitrites. Les nitrites ainsi obtenus vont être transformés par de nouvelles bactéries aérobies comme les nitrobacters. Ce qui nous donne en fin de compte des nitrates.

Une fois que l'on a obtenu des nitrates on arrive à la fin du cycle. Pour éliminer les nitrates il faut procéder à des changements d'eau réguliers. Les plantes absorbent une partie de ces nitrates, il est donc bon d'avoir quelques plantes.